公元1858年九江被清軍攻占后，天京上游的屏障就只剩下安慶一個了，安慶一旦有失，湘軍便可直窺天京。對此，曾國藩心知肚明，因此當太平軍進攻江南大營時，他就已經在準備進圍安慶了；后來李秀成率軍東征，清廷下令力保東南，但曾國藩認為，要保江南，必先控上游，安慶才是重中之重，所以他對咸豐皇帝的命令以兵力不足相拖延，同時派其弟曾國荃率湘軍進至安慶城外；后來由于咸豐一再催促，曾國藩便領兵佯裝東進蘇常牽制太平軍，實則將湘軍主力留在安慶周圍。

太平天國方面自然對安慶的重要性也非常了解，于是1860年9月，天京決定以圍魏救趙之計，兵分五路進攻湖北，以期安慶不解自救。太平軍陳玉成部本打算直接救援安慶，不料被沿途清軍擊敗。當李秀成部由浙入贛后，陳玉成便按照“合取湖北”的既定方針，開始向湖北進軍，期間他懾于巴夏禮的恫嚇放棄直接進攻武漢，結果功虧一簣。1861年，鑒于安慶危急，陳玉成放棄“合取湖北”的計劃，率部回援安慶，剛剛入鄂的李秀成得知也隨即撤兵。與此同時，太平軍在贛北的軍事行動也以失敗告終，使得本來在皖南陷入戰略圍困的曾國藩逃脫了滅亡的厄運。

陳玉成棄鄂回皖后，天京方面也派出援軍，打算直接解圍安慶；曾國藩也調兵遣將打算和太平軍在安慶決一死戰。1861年5月，太平軍與清軍在安慶城外你來我往，交戰多次，但戰果不甚理想。后來，前來增援的太平軍和捻軍又遭清軍截擊，紛紛敗退，相反湘軍的后援卻源源不斷的趕來。危急情況下，陳玉成與洪仁玕等商議三路反攻計劃，但計劃實施時卻又中了清軍的埋伏，太平軍傷亡甚眾，精銳部隊被殲滅。不久之后，其它各路太平軍也相繼被清軍擊潰，解圍安慶的計劃徹底落空，安慶已經成為孤城一座，糧食日益告急，出城降敵者與日俱增。

1861年9月，湘軍攻占安慶，守城太平軍全軍覆沒。安慶的失守標志著太平軍“五路救皖之策”的徹底失敗，太平天國形勢也日益惡化。

1861年7月，李秀成從湖北退回后，沒有參與救援安慶的軍事行動，而是傾全力回師江浙。當時，浙江西部和中部廣大地區已經為他路太平軍攻占，李秀成經江西浩浩蕩蕩進入浙江并于當年底占領杭州，寧波同時也被太平軍占領。

1862年初，李秀成發兵進攻上海，一路過關斬將，迅速完成了對上海的合圍。當時，第二次鴉片戰爭已經結束，歐美列強在華攫取到了更多的利益，因此他們希望中國能維持清政府那樣軟弱的政權來確保他們的既得利益；同時，清政府方面也早已意識到“內憂”才是最致命的威脅，所以提出了“借師助剿”，希望得到外國人的幫助。在這樣的形勢下，駐扎上海的清軍和英法軍隊就聯合了起來。由于武器裝備上的巨大差距，在此后的戰斗中，太平軍屢戰屢敗、屢敗屢戰，戰局十分被動。

誰知“屋漏偏逢連夜雨”，正當太平軍陷入苦戰時，曾國藩又派李鴻章所部淮軍到滬，配合當地清軍和英法軍隊，迅速攻占了嘉定、青浦、南橋等重鎮。此時，李秀成感到局勢嚴重，親率精兵自蘇州出發，進行反攻，不久收復嘉定。隨后，李秀成發兵轉攻青浦，城內敵軍冒死突圍，逃回松江。李秀成緊追而至，圍攻松江，不料久攻不下，被迫撤圍，領兵直接進攻上海。在圍攻清軍構建于上海城外的營壘時，太平軍反復沖殺，清軍殊死抵抗，戰事始終沒有進展；不久，李鴻章援軍來到，太平軍抵御不住，只得撤退；這時，李秀成又接到洪秀全回救天京的命令，于是率大部兵馬回到蘇州。

其實，天京的形勢早在1861年末就已日趨緊張。占領安慶后，曾國藩又奪取了安慶周邊重鎮，然后休整部隊，增募兵勇，積極準備進軍金陵。太平天國方面，在安慶失守后，基本處于束手無策的狀態，聽任湘軍備戰，而且還將陳玉成革職處分，使其心煩意亂，屢出昏招，大量派兵出戰淮北、河南、陜西，使得皖北的兵力更加空虛。趁此機會，清軍向陳玉成發動攻擊，由于屬下叛變，陳玉成最后被清軍逮捕，不久被殺害，皖北防務至此瓦解，太平天國西線形勢更加急轉直下。

1862年3月，曾國藩指揮湘軍大舉東下，開始了進攻金陵的軍事行動。沿途各地太平軍在湘軍的全面進攻下節節后退，戰略重鎮相繼失陷，湘軍迅速進抵天京城下。對于湘軍進兵之神速，洪秀全始料未及，趕忙一日三詔的急調李秀成回援，然而李秀成在蘇州的軍事會議上卻決定避其鋒芒、與湘軍打持久戰，耗上一兩年，等湘軍銳氣喪盡，再與其決戰。隨后，天京囤積了大量米糧、軍火，并調集軍隊加強防務。一個多月后，鑒于天京形勢越來越緊張，洪秀全再次催促李秀成回京，無奈之下，李秀成只得親自領兵回援天京。

此次由李秀成率領回救天京的共有十三個王，兵馬十多萬，援軍與天京城內守軍配合，對圍城湘軍兩翼發起猛攻。此間，太平軍內外配合不力，面對已經修筑了堅固工事且士氣正旺的湘軍沒能先消耗敵人，再進行圍攻，而是接連數日輪番攻擊，以圖速勝，結果鈍兵挫銳，力屈罷攻，再加之戰術安排的不得當，十三王回援天京的作戰最終完全失敗。

這次作戰，李秀成在兵力上占絕對優勢，武器裝備上也優于圍城湘軍（在對外國軍隊作戰時，繳獲大量先進武器），湘軍的唯一優勢就是他們擁有水師，能控制長江水道。但最終指揮不當、缺衣少糧的太平軍還是輸掉了戰斗，幾乎將天京和太平天國帶入了絕境。太平天國自天京內訌以后，雖然出現了陳玉成、李秀成這樣杰出的年輕將領，又二破江南、江北大營，在一定程度上挽回了頹勢，但在湘軍和外國勢力的聯合絞殺下，最終還是一步一步走向了滅亡。