如前文所述，段祺瑞為使其統治合法化而籌備的善后會議沒有接納孫中山的建議，邀請人民團體代表、國民黨方面人士為與會人員，因此善后會議遭到了全國的反對，就連黎元洪、梁啟超、章太炎等也拒絕參加。但段祺瑞一意孤行，于1925年2月1日召開善后會議，至4月21日結束，通過了《國民代表會議條例》等議案；不過，在各方的抵制和反對下，段祺瑞所策劃的國民代表會議始終沒能成立。為容納善后會議會員、粉飾民主，段祺瑞又在1925年7月30日成立臨時參政院。

善后會議后不久，北方各軍閥之間沖突又起，其根源在于奉系與直系、奉系與馮玉祥之間的矛盾激化。至1925年下半年，各派軍閥之間的大混戰再次打響。

第二次直奉戰爭后，馮玉祥、張作霖共同控制北京政府。馮玉祥按照雙方劃定的勢力范圍，沿京漢線及豫、陜、甘發展，但卻屢屢遭受奉軍的壓迫，馮玉祥和奉系的矛盾便激化，準備兵戎相向，但當時馮玉祥的軍事力量卻遠不如張作霖。1924年12月，出任中華民國臨時執政府臨時執政的段祺瑞下令免去了齊燮元的職務，任命盧永祥為蘇皖宣撫使，于是盧永祥積極準備一雪“江浙戰爭”戰敗的前恥。同時，奉系張作霖為謀求擴張勢力于長江流域，以援助盧永祥為名，派張宗昌率兵偕盧南下。1925年1月，張宗昌、盧永祥聯軍擊敗齊燮元，張宗昌率奉軍一萬多人進入上海。同年，奉軍多次入關，搶占地盤，到9月，津浦路沿線各省區全部為奉系所占有，其勢力達到鼎盛，占據了中國一半以上的富庶地區。

奉系的擴張嚴重威脅到直系浙江督軍孫傳芳，他聯絡直系各方勢力，以及在北方與張作霖矛盾激化的馮玉祥，發動了奉浙戰爭。1925年10月，孫傳芳自任浙、閩、皖、贛、蘇五省聯軍總司令，分兵進攻奉系，目標直指上海、南京和丹陽。駐上海奉軍將領倉促應戰，兵敗逃入租借；奉系江蘇軍務督辦楊宇霆也在南京被圍時，渡江乘車潛逃；安徽方面奉軍見滬寧失利，也倉皇撤退。得知前線奉軍潰敗后，張作霖大發雷霆，即刻派出大軍南下反攻，自己也親率白俄軍由濟南向南開進以為策應，結果幾路大軍均被孫傳芳擊敗，一路北撤；孫傳芳則一直追擊到徐州以北方才停止。孫傳芳停止追擊奉軍，主要是担心孤軍深入，恐有不測；另外，在橫掃蘇皖后，孫傳芳急于籌組五省聯軍，所以主張罷兵息戰。張作霖一敗再敗，本想親率大軍南下，與孫傳芳決戰，但由于北邊有馮玉祥的牽制，故不敢輕舉妄動。更為嚴重的是，奉系內部矛盾激化，竟發生了郭松齡倒戈反奉事件，使他更無暇南顧。于是，1925年11月8日，孫傳芳占領徐州，奉浙戰爭宣告結束，從此東南五省成了孫傳芳的勢力范圍。

下面說說影響奉浙戰爭進展的郭松齡倒戈反奉事件。奉系軍閥原分為新舊兩派，舊派以張作相為首領，新派以楊宇霆為首領；新派之中，又有士官派和大學派之別，士官派以楊宇霆、姜登選為中堅，大學派則以郭松齡、李景林為代表人物，兩派互相傾軋，由來已久。奉系在第一次直奉戰爭中失敗后，新派逐漸得勢，姜登選、郭松齡、李景林等均居要職，而曾任張學良老師的郭松齡尤為張學良所倚重，因而為同僚所忌。第二次直奉戰爭奉軍入關后，張宗昌、楊宇霆、姜登選、李景林都得到了一省軍務督辦之職（張宗昌任山東軍務督辦，楊宇霆任江蘇軍務督辦，姜登選任安徽軍務督辦，李景林任直隸軍務督辦），唯獨郭松齡一無所得，本想要一熱河都統做做，卻也被楊宇霆所阻。于是，郭松齡與楊宇霆等的矛盾加深。另外，郭松齡早年曾加入同盟會，1917年南下投靠孫中山，參加護法軍政府，受到民主主義思想的影響，所以他對張作霖的窮兵黷武、禍國殃民也一直深為不滿。

奉軍內部派系的矛盾最終為馮玉祥所利用。1925年11月，郭松齡、李景林與馮玉祥暗中結成反奉三角同盟。11月22日，郭、馮正式簽定了“反奉密約”，雙方約定：反奉成功后，由李景林治理直隸、熱河，郭松齡改造東三省，馮玉祥開發西北；同日，郭松齡通電要張作霖立即讓位，由張學良接管大權，要求楊宇霆立刻下野，宣布國奉兩軍停止交戰。11月23日，郭松齡率七萬大軍，在灤州宣布獨立，并將駐守關內的奉軍將領姜登選等誘捕，發兵出關攻奉，殺回東北；24日，郭松齡再發通電，歷數張作霖的罪行，擁舉張學良為司令，以“清君側”為號召；25日，馮玉祥、李景林宣布“中立”，并分別發出通電敦促張作霖下野；26日，郭松齡軍突破榆關防線，27日過山海關，29日奪取綏中；同日，張作霖任命張學良為前線總指揮，指揮部隊堵擊郭松齡。11月30日，郭松齡將所屬部隊改為東北國民軍，自任總司令。12月5日，又克連山，6日占領錦州，7日逼近沈陽，遼沈震動。

作為奉系的后臺，日本最初要求郭松齡承認張作霖與日本訂立的一切條約，但遭到拒絕。12月8日，日本關東軍向郭松齡發出警告；13日，郭松齡軍進抵營口河北車站時，遭到日軍阻截；22日，奉軍在日軍支持下，重新部署，與郭松齡軍激戰巨流河，郭松齡孤軍無援，大敗；24日，郭松齡夫婦被奉軍馬占山部抓獲，25日二人被槍斃。

在郭松齡倒戈反奉的同時，馮玉祥也在待機而動，他趁熱河奉軍回援之際，派兵占領熱河。12月初，馮玉祥向奉系直隸軍務督辦李景林發起全面進攻，24日占領天津，迫使李景林敗走山東依附張宗昌。至此，馮玉祥的國民軍控制了直隸全境，與河南的國民軍聯成一片。

經過郭松齡倒戈反奉一事，張作霖對馮玉祥可謂恨之入骨——馮玉祥不僅聯合郭松齡反奉，還乘機占領熱河和直隸；此外，郭松齡兵敗被殺后，其余部加入馮玉祥的國民軍，直隸奉軍也有部分投誠。可以說通過郭松齡倒戈反奉事件，馮玉祥是又占了地盤，又得了人馬，怎么能不叫張作霖生氣？！

就在郭松齡倒戈反奉之時，南方直系軍閥吳佩孚揮軍北上討伐馮玉祥和張作霖。由于張作霖恨馮玉祥入骨，因此直奉很快又聯合起來，共同進攻馮玉祥，引發國奉戰爭（也稱馮張戰爭）。1926年元旦，馮玉祥被迫通電引退，將軍隊交給張之江、鹿鐘麟等；1月下旬，張作霖揮師入關，駐于關內的奉系張宗昌、李景林的直魯聯軍也從山東向河北進攻，湖北直系軍隊則發兵河南；同時，晉系閻錫山部也向山西的國民軍進攻；日本為支持張作霖討馮，派軍艦在大沽口炮擊國民軍。如此一來，國民軍便處于各派軍閥的聯合包圍之中。1926年2、3月間，國民軍敗于河南；3月22日，李景林占領天津。

在日本軍艦進入大沽口炮擊國民軍時，國民軍曾開炮還擊，于是日本以國民軍破壞《辛丑條約》為由，聯合英、美、法、意、荷、比、西等國公使于3月16日向北京臨時執政府發出最后通牒，提出拆除大沽口軍事設施等要求，限令48小時內答復，否則以武力解決。3月16、17日，在北京的國共兩黨開會，國民黨徐謙與中共李大釗共同決定組織天安門集會，反對八國最后通牒。3月18日，北京共5000多人在天安門舉行集會，并在廣場北面搭建的主席臺上懸掛孫中山遺像和他撰寫的對聯“革命尚未成功，同志仍須努力”。集會后，游行隊伍從天安門出發，來到段祺瑞執政府門前廣場請愿，期間段祺瑞派出軍警控制局勢，意圖以武力驅散游行隊伍，結果當場造成47人死亡，200多人受傷，這便是“三·一八慘案”。在這次慘案的死者中，就有我們熟知的劉和珍，這也是魯迅寫《為了忘卻的紀念》的原因。段祺瑞在得知政府衛隊打死徒手請愿的學生之后，立即趕到現場，面對死者長跪不起，并從此終生食素，以示懺悔（媽的，比GCD在89年的表現強多了，連軍閥都不如）。 

“三·一八慘案”后，強大的民意壓力迫使國會召集非常會議，通過了嚴懲禍首的決議。隨后，監察廳調查取證，證實軍警擊斃請愿者屬違法，要求國務院閣員總辭職。

在當時，對北京威脅最大的是由關外殺來的奉軍和關內奉系的直魯聯軍，而且因“郭松齡倒戈反奉”一事，奉系與國民軍的矛盾已經難以化解，更何況張作霖提出的議和條件是“國民軍必須放棄直隸、熱河、京畿三區”。在這種形勢下，國民軍打算兵行險招——聯吳拒奉，并以尚在北京為自己所控制的直系曹錕為疏通渠道。由于直系吳佩孚方面表示必須先趕走段祺瑞，恢復曹錕自由，才可能繼續談下去，于是4月9日夜，國民軍將領鹿鐘麟發動政變，宣布討段迎吳，段祺瑞率安福系要員逃入東交民巷。不過，戰爭卻沒有如鹿鐘麟預想的那樣結束，吳佩孚拒絕了國民軍的投誠，繼續進攻；4月15日，國民軍被迫由北京撤至南口，與直奉晉聯軍激戰四個多月后，最終放棄華北，退往綏遠及西北一帶。

國民軍退出北京的當天，段祺瑞復職，直奉聯軍隨后也進了北京。后來，段祺瑞曾打算“聯奉抗吳”，并保住自己的地位，但奉系對此極其冷淡。1926年4月20日，段祺瑞辭職，退居天津租界，由國務院攝行大總統職 ，中華民國北京臨時執政府宣告解體。從此，段祺瑞退出中國政壇，直到去世，而北京政權則落入直奉軍閥手中。