1939年抗戰進入戰略相持階段后，中日雙方的戰略態勢和方針政策都發生了變化。國軍經過幾次大會戰的失敗，損失慘重，急待整訓，國府也制定了持久抗戰、苦撐待變的總方針。日軍雖然占領了中國大片領土，但由于戰線過長，人力、物力、財力消耗巨大，也陷入了困境，已是強弩之末，再加上國府和中共都有部署敵后武裝力量不斷襲擾，因此日軍被迫停止了大規模的戰略進攻，轉而采取較為保守的策略，大力培植親日傀儡政權，以華制華，并在政治上誘降國民政府。事實上，在1939年，不管日本愿不愿意，中日戰局都已經向蔣介石口中的“持久抗戰”方向轉化了。

1938年10月日軍占領廣州后，為切斷中國在華南的海上交通線，決定攻占海南島。1939年2月10日，日軍板垣師團主力在海南島北部天尾港登陸，海口、瓊山當日陷落。同時，另一路日軍在崖縣、榆林、三亞灣登陸，國軍退入山區，日軍侵占全島。6月，粵東日軍又在汕頭登陸，攻占了汕頭和潮州，國軍主力退至內陸。8月上旬，日軍攻占深圳，切斷了由香港輸入物資的通道。11月15日，粵西日軍在欽州灣登陸，突破國軍陣地，引發桂南會戰，防城、欽縣等地相繼淪陷。11月24日，日軍攻占南寧，隨后以一部南下攻占龍州及鎮南關，另一部北上攻占高峰隘、昆侖關。桂林行營主任白崇禧為收復南寧，恢復桂越國際交通線，于1939年12月調集第四戰區國軍主力分三路反攻南寧，北路從思隴向昆侖關進攻，東路襲擾邕江南岸日軍吸破壞邕欽路，阻止日軍增援，西路向高峰隘進攻，并阻擊南寧出援之日軍。12月18日，北路國軍發起昆侖關戰役，杜聿明以一個師的兵力從昆侖關正面發起總攻，另派一個師迂回昆侖關側后。12月19日，西路國軍向高峰隘、四塘、新圩、吳圩等地進攻，東路國軍向欽州、小董、大塘等地攻擊，以配合北路軍作戰。至12月31日，北路國軍殲敵4000余人，收復昆侖關。

昆侖關戰役中，國軍殲滅的日軍在一個師團以上，使日軍無力繼續西犯。同時，粵中日軍沿粵漢鐵路北上，于12月底攻陷英德，進至翁源附近。1940年1月上旬，日軍又從粵北抽調兵力增援桂南，并于28日發起進攻，至2月3日，先后攻占賓陽、昆侖關，隨后收縮兵于南寧附近。不久，國軍發起反擊，于2月14日再次奪回昆侖關，并進至五塘等地，日軍固守南寧外圍，在四塘、高峰隘、蒲廟之線與國軍形成對峙，桂南會戰結束。 

武漢會戰后，日軍雖然占領了武漢，但國軍的野戰軍卻轉入側翼，日軍當時的占領區實際上是沿著長江的一條狹長地帶，這條從上海到武漢沿水路延伸的占領區，受到第三戰區，第五戰區及第九戰區之間百萬大軍的威脅，其中最可怕的要害，就是以南昌為中樞的贛北地區。1939年，第九戰區規劃的臨敵前方是贛北而非湘北，只要國軍在贛北有一次決定性的成功突進，就足以腰斬日本華中派遣軍。而日本則早在1938年9月武漢會戰期間便想乘勝攻占南昌，不料在萬家嶺遭到第九戰區薛岳兵團的重擊，一個師團全軍覆沒，一個師團傷亡慘重，折兵三萬多人（即前面文章講過的“萬家嶺大捷”），因此只好放棄了南昌這個次要戰略目標，專注于武漢方面的戰事。

萬家嶺戰役結束后贛北形勢較為穩定，薛岳也在長沙大火后被調到長沙代理第九戰區司令長官，贛北地區的守備則由第十九集團軍總司令羅卓英以第九戰區前敵總司令的名義負責。1939年2月中旬，日軍為切斷浙贛鐵路，解除國軍對沿江日軍的威脅，并割斷東南各省同西南后方的聯系，以4個師團并海軍一部進攻南昌，從而引發南昌會戰。3月17日，日軍展開進攻，20日強渡修河，隨后分兩翼向南昌攻擊，并于27日占領南昌。南昌失守后，國軍向西退卻，日軍也向西追擊，于4月2日攻占重鎮高安。此后，日軍由于兵力不足，停止追擊，并從南昌地區撤走部分兵力用于其他戰場，形勢才相對穩定下來。為收復南昌，担任反攻任務的國軍第三戰區部隊于4月16日分三路發起反擊。4月20日，國軍強渡錦江向高安推進，與日軍激戰數日，雙方都有很大傷亡。經過苦戰，各路國軍陸續逼近南昌城郊，5月2日全線出擊。日軍則在空軍的協同下頑強反擊，使國軍的攻擊受挫。5月9日，蔣介石下令停止進攻，全線恢復原態勢，南昌會戰結束。這次會戰雖然最終未能收復南昌，但仍給予了日軍有力的打擊和牽制。

另一方面，在武漢會戰后，國軍將一個集團軍的主力從湘南轉至棗陽，加強第五戰區實力，對日軍造成嚴重威脅。為確保武漢占領區，威逼四川，日軍調集4個師團和1個騎兵旅團的兵力，進犯湖北隨縣、棗陽，意圖圍殲第五戰區國軍主力并占據隨棗地區。

1939年5月1日，駐鐘祥、京山方向的日軍在飛機、坦克的配合下向鐘祥以北中國軍隊陣地發動進攻，引發隨棗會戰。5月4日，日軍突破長壽店兩側守軍陣地，即以主力沿襄河東岸向棗陽方向突擊。中國守軍頑強阻擊，并不斷以襄河西岸的部隊渡河側擊北犯日軍，但終因日軍裝備精良、行動迅速，未能阻止其進犯。5月8日，日軍占領棗陽，10日，再占湖陽鎮和新野，12日又奪取了唐河，并一度占領南陽。此時，駐應山方向日軍發起進攻，連陷吳家大店、徐家店。5月4日，日軍與中國守軍激戰兩晝夜后，又奪取了塔兒灣陣地。國軍被迫放棄高城向西轉移，高城為日軍占領。5月5日，日軍一部向天河口市發起進攻，并于兩天后奪占天河口。5月8日，高城日軍向厲山陣地發起進攻，守軍與敵展開激戰，厲山陣地于當日失陷，日軍對國軍形成東西夾擊之勢。日軍指揮官岡村寧次見戰事進展順利，遂令駐信陽的日軍向桐柏進攻，5月10日，該路日軍攻陷桐柏，12日陷新集和西新集，形成對棗陽東北地區的包圍。

在各路日軍先后占領桐柏、高城、三陽店、唐河、新野一線，即將合圍桐柏山、大洪山守軍主力的形勢下，第五戰區司令長官李宗仁急令第31集團軍主力會同第一戰區第2集團軍由豫西南下，向唐河、新野一帶反擊，同時，命令在大洪山、桐柏山担任游擊任務的國軍向唐縣鎮、棗陽攻擊，牽制日軍西進，命令襄河兩岸部隊堵截日軍退路。5月13日，李宗仁下令國軍發起反攻，大洪山、桐柏山游擊部隊阻擊回撤日軍，國軍另向南陽增兵，先后克復唐河、新野。5月15日，國軍各路援軍同時攻擊，經三日激戰，重創日軍，日軍因苦戰多日，疲憊不堪，被迫向東南退卻。5月19日，國軍收復棗陽，23日收復隨縣，隨棗會戰結束。

隨棗會戰中，國軍以傷亡2.8萬人的代價換取了戰役的勝利，殲敵1.3萬余人。