經過商議，咸豐靈柩回京的日期最終確定。按照清朝祖制，小皇帝和太后需要在北京皇宮門外跪接靈柩；另外，考慮到皇帝年幼，無法全程護送大行皇帝梓宮，于是慈禧提出：在跪送靈柩啟程并護送一段路程后，兩宮太后和載垣、端華等7大臣陪同小皇帝走小路先行返回北京，以提前準備好迎接梓宮回京的相關事宜；咸豐皇帝的靈柩則由肅順和醇郡王奕譞共同護送走大路返京。

慈禧謀劃的的確是一條妙計，不但成功的將顧命八大臣的核心肅順與其他7人分開，使其難以合謀，而且還把咸豐的七弟、“非明顯奕訢派”的醇郡王奕譞安插到了肅順的身邊，以便監視。八大臣對這樣的安排也難有什么反對意見，于是一切就都按照慈禧和恭親王的設想進行了。

在返京的路上，兩宮太后在京郊石槽與恭親王奕訢秘密會見了一次，商定了返京后的具體安排，然后早于肅順四天抵達北京。以恭親王為首的王公大臣們在北京德勝門迎接兩宮太后和小皇帝，舟車勞頓的兩宮太后進城后沒有直接返回皇宮，而是當場宣布八個顧命大臣欺凌孤兒寡母的行徑，在奕訢的鼓動下，在場王公大臣無不義憤填膺，發誓與八大臣勢不兩立。

此前，為了發動政變，奕訢還拉拢了朝中握有兵權的實力派人物。首當其沖的是兵部侍郎勝保，護送咸豐靈柩的幾萬士兵幾乎都是勝保的直系。出于禮貌，勝保曾經想向小皇帝和兩宮太后上一道請安的折子，不料八大臣卻認為其中有貓膩兒，便斥責勝保，還讓他寫檢討書，于是奕訢便趁機將勝保拉到了自己的陣營里。另一個實力派人物是湘軍統帥曾國藩。在奕訢的安撫下，對太后干政甚為反感的曾國藩雖然接到過肅順集團的“示好”，但仍采取了兩不相幫的策略，對即將發生的政變置之不理。最后一個人物就是科爾沁親王僧格林沁。本是沒落子弟的僧格林沁因道光皇帝的提拔而平步青云，又深受咸豐皇帝器重，因此對大清皇帝特別忠心，對什么顧命大臣則一點都不感冒。

回京后第二天，1861年11月2日，政變發生。當日，兩宮皇太后召見載垣、端華等七位顧命大臣，并持“御賞”和“同道堂”兩枚御印，以皇帝的名義下詔：解除肅順等八大臣職務，當場逮捕載垣、端華，囚禁宗人府，將景壽、穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛革職查辦。隨后，密令隨靈柩行至密云的睿親王仁壽、醇郡王奕譞捉拿肅順。當天夜里，在肅順擁著兩個小妾入睡后，仁壽和奕譞領兵破門而入，活捉肅順，以“大孝期間違制尋歡”的罪名將其押送回京。大難臨頭的肅順破口大罵：“悔不該早治此婢”。

不久，慈禧發布上諭，否認咸豐遺詔，下令將肅順斬首，賜載垣、端華自盡，其余五大臣或革職或充軍。接著，慈禧下旨廢除八大臣原擬的祺祥年號，改年號為同治，宣布兩宮太后垂簾聽政，封恭親王奕訢為議政王大臣、首席軍機大臣、宗人府宗令，其余如奕譞、文祥、勝保等人也得以加官晉爵（奕譞后來又被加封為醇親王）。慈禧和恭親王集團成功奪取了清朝的最高權力。

由于政變發生的1861年是中國農歷辛酉年，故稱“辛酉政變”，又因政變發生在北京，故也稱“北京政變”。“祺祥政變”一說則源于八大臣原擬的“祺祥”年號。成王敗寇的肅順、端華、載垣自此被清朝統治者貶稱為“三兇”。

在辛酉政變成功后，慈禧和恭親王奕訢之間的蜜月期也宣告結束。畢竟奕訢曾是慈禧的丈夫咸豐皇帝的最大政敵，因此慈禧在政治上回報奕訢的同時，也時時提防著奕訢成為“肅順第二”。在處理顧命八大臣時，本要革職充軍的景壽、穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛五人，最終被慈禧赦免，肅順親信等也沒有受到株連，這不但彰顯了兩宮太后的寬容，而且起到了權力制約的作用。

東太后慈安對政治興趣不大，支持政變只是為了得到生活上的保障，所以兩宮垂簾后，大量政務、奏章的處理就都歸到了慈禧那里。時間一長，慈禧的權力便越來越大，而隨著執政日久，慈禧的政治能力和權威也逐漸得到朝野上下的認可。同治四年，公元1865年，慈禧以“信任親戚，內廷召對，時有不檢”的罪名罷免了奕訢，后在群臣求情下才恢復了奕訢的部分職務，奕訢在與慈禧的政治斗爭中敗下陣來，于是暗地里聯合慈安太后，以圖制約慈禧。

慈禧得勢后，在“辛酉政變”中立下汗馬功勞的太監安德海也跟著雞犬升天。小人得志的安德海十分張狂，連慈安太后、恭親王奕訢，甚至同治皇帝都不放在眼里，慈安和慈禧的關系也因此越發緊張，奕訢更是想除安德海而后快。同治8年，安德海向慈禧請求親赴江南為同治皇帝督辦龍袍，慈禧原本不同意，但最后仍然批準。安德海剛走水路離開北京，同治皇帝就將此事告知了慈安和奕訢，接著奕訢的一道密函就到了山東巡撫丁葆楨處。安德海一路招搖過市、擾民索賄進入山東后，丁葆楨立即以“宦官不得私自離京”為由將其逮捕，隨即上書朝廷，此事就此公開。害怕引火燒身的慈禧當即極不情愿的決定丟車保帥，同意誅殺安德海于濟南。

按清朝規矩，皇帝14歲大婚后即可親政，但視權如命的慈禧太后不愿撤簾歸政，因此一直拖延著同治的婚事，直到同治11年，公元1872年皇帝17歲了才著手操辦此事。盡管慈禧對候選人阿魯特氏不滿，但在同治和慈安的堅持下，阿魯特氏最終仍然做了皇后。雖然慈禧輸掉一陣，但這也最終導致了同治皇帝及其后妃的悲慘結局。最后，慈禧于同治11年，公元1872年才撤簾歸政，而同治親政后僅兩年余便死去了，這些事情我在后續的文章中再說。

同治死后，因繼位的光緒帝也是小娃娃，所以兩宮太后再次垂簾。和慈禧嫌隙日深的慈安于光緒七年，公元1881年死去。慈安死的很急，從發病到去世，前后僅兩天，而且慈禧沒等慈安娘家人來就下令將其入殮，于是很多野史中都說她是被慈禧所害，最流行的說法有兩種。

第一種說法是說，咸豐帝臨終前担心野心勃勃的慈禧今后無法制約，于是給慈安留下一道密詔，并交待：假如慈禧安分守己則罷了，倘若她仗著皇帝是她兒子而專權違制，則可憑此詔誅殺之。慈禧后來得知此事，于是一直對慈安畢恭畢敬，蒙在鼓里的慈安卻對她毫無防范，還認為咸豐對待慈禧太過嚴厲，遂將此詔當著慈禧的面燒毀。此后，二人因宮內外諸事矛盾日深，意欲獨攬大權且沒了“緊箍咒”的慈禧便在點心中下毒，將慈安毒死。 

第二種說法是說，光緒七年初，慈禧太后難耐后宮寂寞，與宮外男子鬼混并懷上身孕，又因打胎而長期臥病。消息走漏后慈安打算懲辦之，卻被慈禧先下了毒手。  

從此以后，慈禧太后便獨自垂簾聽政，將所有權力牢牢握在了自己的手里。慈禧當政47年，跨同治、光緒兩朝，期間諸多內容，我將在后面的文章中結合重大歷史事件穿插介紹。