經過半年的奮戰，到1918年2月，南方護法政府所屬部隊取得了很大的勝利，控制了湖南的長沙、岳陽，四川的重慶和成都。與此同時，其它各省護法勢力也積極響應，紛紛宣布獨立，護法烽火已遍及全國十幾個省。但是，廣東軍政府在政治上是一個脆弱的政府，孫中山本人也缺乏組織和領導全國護法武裝的能力，革命黨人的經濟和軍事實力也不夠強大；此外，作為護法軍主力的兩廣和云貴軍閥各懷鬼胎，不愿聽命于軍政府的調遣。因此，護法運動名義上由軍政府領導，但實際上是各省護法勢力各自為戰，始終未能形成統一的指揮。

就在護法運動節節勝利之時，陸榮廷、唐繼堯與軍政府之間的矛盾逐漸尖銳，桂系軍閥對軍政府活動百般刁難，實行財政封鎖，甚至殺害軍政府任命的官員。同時，廣東督軍陳炳焜也極力拉拢廣東地方派軍人，對軍政府搞“釜底抽薪”，不但籠絡到了軍政府海軍總長程璧光，而且繼任督軍莫榮新還驅逐、殺害軍政府人員。

1918年2月，北京政府以直系曹錕為總司令，派軍大舉南下，第二次進攻湖南，護法軍倉促分兵御敵。直系吳佩孚率部兵分三路向南直撲，一路勢如破竹，于當年3月中旬進占岳陽，護法聯軍退往長沙；與此同時，另一支北軍也突破護法軍防線，占領平江。面對北軍進攻的連連得手，駐長沙湘桂粵軍“聯帥”譚浩明束手無策，毫無作為，甚至率領桂軍撤離長沙，使長沙城防空虛，吳佩孚不費一槍一彈便開進了長沙。

1918年3月，馮國璋重新任命段祺瑞為國務總理。北軍占領長沙后，段祺瑞即下令吳佩孚發兵湘南，同時積極聯絡日本簽訂“共同防敵”軍事協定。4月，護法聯軍集中兵力攻擊分兵南下的北軍中最薄弱的一路，取得了湘東反擊戰的勝利，但在隨后發動的反攻戰斗中被吳佩孚擊敗，湖南大部為北軍所占，護法聯軍全部退守湘桂邊界。5月，南北兩軍在湘西展開爭奪戰，雙方互有勝負，而已無心再戰的湘西護法軍也于此間向馮國璋提出了“休兵息戰，劃地自守”的建議。

在第二次攻湘戰斗中，段祺瑞派出的部隊仍以直系為主，目的仍是為了“直系出力、皖系收利”；在曹錕、吳佩孚率直系軍克岳州、占長沙后，段祺瑞任命皖系張敬堯為湖南督軍，引起了曹、吳二人的不滿。在這種情況下，借著南方軍隊的“求和”以及全國上下的反戰情緒，直系軍按兵不動，并通電南軍停火休戰，6月，吳佩孚私下與南軍訂立停戰協定。

護法運動中，南北雙方除了在湖南戰場你爭我奪之外，在四川、廣東、江西、福建方面也有激烈的戰斗。

1917年8月，唐繼堯指揮滇黔靖國軍進攻四川，12月進占重慶，次年2月占領成都。1917年12月，陳炯明就任攻閩粵軍總司令，1918年1月，陳炯明在廣州誓師，三路攻閩，但隨后即因餉械為廣東桂系所制而在閩粵邊境滯留三個月之久，至5月才開始進攻，取得一定進展。隨后，閩浙聯軍大舉反攻，粵軍遭各個擊破。此時，陳炯明已有歸附北京政府之意，但北軍氣焰正盛，對陳炯明的示好置之不理，繼續窮追猛打。無奈之下，陳炯明重新組織反擊，并于8月反敗為勝，粵軍全線反攻，占領漳州，繼而向廈門推進。11月，粵軍與閩浙聯軍在福建前線劃界停戰。

當初，在護國戰爭后期，廣東將軍龍濟光迫于來自桂滇的軍事壓力宣布廣東獨立；袁世凱死后，桂滇護國軍向龍濟光發動進攻，龍濟光走投無路，后在黎元洪的調解下率殘部移駐瓊州（海南島），陸榮廷出任廣東都督。護法戰爭爆發后，段祺瑞調北軍攻湘，龍濟光認為時機已到，便致電馮國璋，表示愿意充當攻粵前驅。1917年12月，龍濟光渡海攻粵，廣東督軍莫榮新緊急組織討龍作戰。1918年3月，討龍軍總指揮李烈鈞四路齊攻，大敗龍軍，隨即將龍濟光主力包圍，龍濟光彈盡糧絕，老巢海南島又已宣布獨立，無奈之下，只得棄軍而走，逃到北京投靠了段祺瑞。

1918年4月，駐江西北洋軍奉段祺瑞之命三路攻粵，廣東方面立刻從討龍戰場上調部分滇軍北上抵御，不久討龍軍其余各部也紛紛前往增援，將贛軍擊退。后由于粵、桂軍意見存在紛歧，俱無戰意，陸榮廷也主張以湖南戰場為主，粵贛邊事宜取守勢，因此廣東方面沒有乘勝追擊，南北兩軍相持，再無大的戰事。

吳佩孚于1918年5月間主動停止攻湘，雖然打亂了段祺瑞的進攻部署，加劇了直皖之間的矛盾，但同時也加速了桂系與直系的勾結，極大的影響了孫中山的護法運動。護法之初，廣東督軍陳炳焜屬桂系，廣東一直就是桂系的勢力范圍，前面提到過，桂系軍閥在經濟上拆軍政府的臺，壟斷廣東財政，分文不給；軍事上，則是分化、打擊、排擠服從軍政府的軍隊，甚至暗殺了海軍總長程璧光；政治上，他們更是陰謀改組軍政府，擠走孫中山。1918年1月，桂系軍閥勾結滇、粵、湘等省軍閥，拉拢非常國會中的政學系議員及革命黨中持不同政見者，發起成立“西南各省護法聯合會”，作為西南護法各省的統一組織，欲奪取護法戰爭的領導權，架空廣州護法軍政府。后由于孫中山和國會部分議員對“聯合會”的堅決反對，政學系議員和舊國民黨中的不堅定分子又提出了改組軍政府的建議，并于1918年5月4日通過了《修正軍政府組織法》，將大元帥制改為七總裁制（也稱總裁合議制）。當日，孫中山被迫向國會辭去大元帥職，并發表通電指出：“顧吾國之大患，莫大于武人之爭雄。南與北如一丘之貉”。5月20日，非常國會選舉唐紹儀、唐繼堯、孫中山、伍廷芳、林葆懌、陸榮廷和岑春煊七人為總裁，廢除大元帥制，孫中山雖然位居其一，但已毫無實權。5月21日，孫中山憤而離開廣州，前往上海，表示與西南軍閥決裂，第一次護法運動以失敗告終。自此以后，廣州護法軍政府完全為桂系軍閥和政學系議員所控制，與北洋政府妥協議和。
　　
1918年8月，吳佩孚等公開通電主張和平，反對段祺瑞的“武力統一”政策，護法軍政府也表示贊成，段祺瑞被迫下令前線各軍停止進攻，各地區戰事隨即逐漸停止。

當初馮國璋接任總統時，其頭銜是“代總統”，按照《臨時約法》，到1918年10月10日，其代總統任期屆滿，這便給了段祺瑞“合法”的搞掉馮國璋的機會。此前，為了能操縱國會選舉，進而控制政權，段祺瑞從日本借款中拿出80萬元，收買了一批官僚政客，又在1918年3月間，組織了一個“安福俱樂部”，形成了為皖系效力的“安福系”。當年8月國會改選時，安福系大肆活動，收買選票，最終贏得了國會中的多數席位，這個新國會因此被稱為“安福國會”，此后段祺瑞的一切提議便都有了國會的支持。9月，國會進行總統選舉，由于段祺瑞和直系矛盾很深，而直系在北京內外又有很大的勢力，因此段祺瑞為免矛盾激化，沒有參與總統競選；當然，由皖系控制的“安福國會”自然也不會選直系的人做總統。經過幕后多方密謀，最終段祺瑞操縱“安福國會”選舉手無兵權、較為超然的北洋元老徐世昌為大總統，馮國璋被擠出了北京中央政權，次年病逝，直系由曹錕、吳佩孚執掌。