咱們還是把焦點轉回到國父孫中山先生身上。當初民國建立時，雖然孫中山讓位于袁世凱，但他卻始終奮戰在反帝、反軍閥的前線。早在袁世凱死后的第三天，孫中山就發表了《規復〈臨時約法〉宣言》，重建國會威信；“府院之爭”時，又接連發表聲明或通電，反對對德宣戰，維護國會職權；后來張勛進京復辟，孫中山又揭露張勛之陰謀，呼吁西南各軍閥討張護法。

在當時，西南軍閥所受到的最大威脅是來自北洋軍閥，因此在“府院之爭”中，他們紛紛擁護黎元洪，支持國會，維護《臨時約法》，反對北洋軍閥專權擅政。到段祺瑞脅迫國會對德宣戰和八省皖系督軍宣布脫離中央，企圖以武力倒黎時，云南督軍唐繼堯通電表示反對武力干政，擁護總統和國會，廣東督軍陳炳焜、廣西督軍譚浩明和駐粵滇軍總司令李烈鈞也聯名通電，宣布聯合西南各省，興師討逆。后來，陳、譚兩督軍以國會被解散為由，宣布桂、粵兩省自主，不承認非法內閣。

張勛復辟并解散國會后，孫中山在上海召開會議發出“護法”號召，而被號召的對象，正是上述與北洋軍閥有矛盾的各西南軍閥。1917年7月6日，孫中山率“海琛”、“應瑞”兩支軍艦自上海南下，準備到廣東組織護法政府。

就在孫中山等人南下廣東途中，張勛復辟之亂被段祺瑞平定，于是孫中山敦促段祺瑞盡快恢復被張勛解散的國會。但是，段祺瑞受梁啟超影響，認為中華民國已經被張勛推翻了，現在自己建立的是一個新政權，新政權沒有理由非要恢復舊政權的法律和國會，因此拒絕恢復《臨時約法》和召開國會。

7月17日，孫中山一行抵達廣州黃埔，當晚即發表演說，闡明了護法宗旨，號召社會各界積極行動起來為維護約法、再造共和而斗爭，從而掀起了第一次護法運動。19日，孫中山電邀國會議員南下赴粵，組織護法政府；22日，海軍總司令程璧光和海軍第一艦隊司令林葆懌率艦隊離滬赴粵，響應護法；接著，國會議員紛紛南下，西南桂、滇兩系軍閥、駐粵滇軍和廣東地方派軍人也紛紛表示擁護護法。到8月中旬，抵達廣州的國會議員已達150余人，但仍不足法定人數；8月18日，孫中山在黃埔公園宴請到粵議員，議定召集“非常國會”，組織護法軍政府。

8月25日至9月1日，非常國會在廣州開會，通過了軍政府組織大綱，組建了中華民國軍政府，又稱南方護法軍政府，選舉孫中山為軍政府海陸軍大元帥，陸榮廷和唐繼堯為元帥。中華民國軍政府是與受段祺瑞操縱、破壞約法的北京政府相對立的，但軍政府內部卻并非鐵板一塊：兩廣和云貴軍閥支持護法，很大程度上是為了與北方段祺瑞抗衡，防止被其并吞，同時趁機擴大自己的勢力；但另一方面，為了不和北洋政府徹底鬧僵，并保留回旋的余地，他們提出“只反非法內閣，不反大總統”，而且陸榮廷和唐繼堯對于軍政府授予他們的元帥職位均未宣誓就職，反對以元帥名義另設政府，刻意與孫中山保持一定距離。然而，對于革命領袖孫中山而言，他是的的確確的把維護約法、重建共和的希望寄托在了這些西南軍閥身上。實際上，在黃埔軍校之前，孫中山的武裝革命活動，大多是依靠“聯合”各派軍閥力量來實現的，他自己并沒有屬于自己的軍隊，這也是此間孫中山屢屢碰壁的原因。

南方軍政府成立后不久，孫中山即以大元帥名義下令討伐段祺瑞等民國叛逆，北洋軍閥內部矛盾也因此有所緩和。1917年10月，段祺瑞決定向南方用兵，實現“武力統一”。由于南方軍政府位于廣州，而廣東又是西南各省與海外聯系的交通樞紐，因此段祺瑞的主要戰略目標必然是廣東，但欲攻廣東，湖南是必爭之地，所以整個護法戰爭中，湖南一帶的戰斗是最激烈的。

為了保存皖系的勢力，段祺瑞下令直系部隊進攻湖南，而馮國璋也不是傻子，他也暗中與南方軍閥聯絡，提出“和平統一”的口號，以求保存自身實力并伺機奪取北京政權。在北軍進入湖南時，湖南革命黨人已經宣布湖南自主；10月，南北兩軍在衡山一帶交戰，南軍全線戰敗，但隨后又打出了幾次漂亮的反擊，扭轉了戰局，兩軍因此陷入鏖戰。為了緩解湖南護法軍的壓力，陸榮廷于11月決定由李烈鈞率駐粵滇軍、海軍和陳炯明之粵軍聯合進攻閩浙，但軍隊還沒動，就得到了攻湘北軍宣布停戰議和的消息。

攻湘北軍大多出于直系，直系馮國璋本來就對“武力統一”態度曖昧，其部下也對此政策持有異議，再加上攻湘北軍此時已經打的筋疲力竭，無心再戰，所以才會提出停戰議和，同時也趁機發展自己的在湘勢力。但南軍不傻，他們認為這是北軍的緩兵之計，于是沒有停火，而是繼續進攻，將已無心戀戰的北軍打敗，占領了長沙。此時，南軍中各派之間的矛盾顯現出來，使得護法軍最終沒能協調一致，取得進一步的軍事勝利。

由于進入湖南的直系軍隊消極怠戰，各省直系督軍又聯名通電，主張與護法軍政府和平談判解決問題，段祺瑞的武力統一計劃因此流產，不得以辭去了國務總理之職，馮國璋隨即準備開始與南方的談判。對于北方拋來的橄欖枝，孫中山認為，這不過是北洋政府的緩兵之計罷了，并宣稱：除非恢復約法和國會，否則斷無磋商之余地；同時，非常國會敦促占領長沙的軍隊和湖北方面的北洋軍隊聯合起來進取岳陽和武昌，兩軍皆有積極響應。然而，桂軍卻在陸榮廷的授意下宣布：段祺瑞已經辭職，事情已經得到根本解決，應該停戰；這使得長沙方面南軍因兵力不足，未能及時進攻岳陽。孫中山轉而又把希望寄托在滇系軍閥身上，他致電云南督軍唐繼堯，敦促其沿江東下，與湖北方面軍會攻武漢，并指出陸榮廷之停戰議和完全是為了一己私利；誰知唐繼堯卻借故拖辭，使得湖北義軍處境日益危險。

轉過頭來看段祺瑞。下野后，段祺瑞并沒閑著，他一方面策動各省皖系軍閥，一方面拉拢奉系張作霖和直系實力派曹錕，于12月在天津召開會議，一致要求馮國璋明令討伐湘粵，奉軍也乘機入關，進駐直隸。其實，馮國璋的“議和”也不過是敷衍南方罷了，在死守岳陽、維護北洋軍閥利益的問題上，他與段祺瑞并無分歧，因此，在天津會議的脅迫和自身地盤受到威脅的形勢下，馮國璋接受了段祺瑞等制定的作戰計劃，并將軍事指揮權交予段祺瑞。這時，日本政府也表示全力支持段祺瑞及北洋主戰派，于是1918年初，馮國璋通電北洋各督，下令繼續對護法軍作戰。喧囂一時的南北停戰議和活動到頭來沒能帶來和平，反而是給北洋政府贏得了整軍備戰的時間，使南方軍政府內部擴大了矛盾，并喪失了會攻武漢的有利時機。

陸榮廷和其它護法軍將領見馮國璋重新倒向主戰派，和談已無希望，便決定在北軍主力抵湘之前，先發制人，攻取岳陽。戰斗打響后，護法軍表現神勇，打得北軍節節敗退；護法軍長驅直進，抵達岳陽城下，守城北軍將領撤逃，由湘、桂、粵軍隊組成的護法軍聯軍于1月底占領了岳陽。由于桂系滿足于對湖南的占領，不愿觸及湖北直系軍閥的地盤，因此護法聯軍沒能趁熱打鐵奪取武漢，喪失了乘勝北進的大好時機。