前面介紹過，1922年4月29日，第一次直奉戰爭在北方爆發。在此之前，孫中山已與皖、奉兩系結成了孫、段、張“反直三角聯盟”，也稱“三角同盟”，因此廣東方面本應盡早派兵北上，配合奉系張作霖部署軍事行動。但是，由于陳炯明事件的發生，孫中山被迫中途返粵，耽擱了時日，因此直到1922年5月4日，孫中山才再發北伐令，在韶關建立新的北伐大本營，改從江西出兵北伐。

這一次，北伐軍以李烈鈞為總司令，兵分三路攻入江西，以期與北方奉軍協同一致。不料，就在孫中山下令北伐的第二天，奉軍就輸掉了戰爭，張作霖率部撤出山海關，直系因此得以騰出手來阻擊孫中山的北伐。盡管如此，北伐軍仍然取得了節節勝利，于6月13日攻克贛州，隨后進占吉安，直逼南昌。不料這一期間，北京政府以五百萬銀元收買了陳炯明，陳炯明乘廣東空虛之機發動了兵變。

5月18日，陳炯明策動其親信部將葉舉等率部從廣西返回廣州，通電要求孫中山恢復陳炯明各項職務，并電請孫中山、徐世昌同時下野，還在廣州滋事破壞，制造亂局。6月1日，孫中山率少數衛隊從韶關趕回廣州處理此事，陳炯明覺得時機已到，便于6月14日囚禁廖仲愷。6月16日凌晨，葉舉等人發動兵變，包圍總統府，炮擊觀音山孫中山住所越秀樓，孫中山攜夫人宋慶齡化妝出逃，于17日登上永豐艦避難（這艘軍艦于1925年孫中山去世后被改名為“中山艦”，1938年，該艦在武漢會戰中被日寇擊沉，直到1997年才被打撈出水，當時內地電視臺曾大肆報道此事。中山艦在其服役的25年中，先后經歷了護法運動、孫中山廣州蒙難、中山艦事件、武漢保衛戰四大歷史事件，可謂是孫中山先生歷經磨難、矢志救國的歷史見證）。此后，孫中山在永豐艦上指揮其余幾艘戰艦游戈于附近航道，與陳炯明叛軍相持50余日，等待入贛北伐軍回援，共同殲敵。

孫中山廣州蒙難，駐于永豐艦期間，有兩件事是值得提及的，這兩件事在大陸的歷史教科書和相關書籍中都是很少介紹的，其原因是大陸方面認為不值得說，或不想說。

第一件事是說，陳炯明叛變，炮擊總統府時，孫中山聲淚俱下，不肯離開，要以身殉職，昭示天下。后在夫人宋慶齡的苦苦相勸之下孫中山才離開，其警衛營長葉挺﹑薛岳率眾拼死抵抗，這才保得孫中山周全。然而，身懷有孕的宋慶齡最后離開，因沿途驚嚇、顛簸弄得腹中胎兒流產，也從此失去了生育的能力。

第二件事是臺灣歷史教科書一定要講的“蔣中正赴難永豐艦”。

蔣介石是最早識破陳炯明陰謀的人，早在孫中山于廣西積極準備北伐時，蔣介石就說過“陳炯明不可信任”，但當時孫中山信任陳炯明，蔣介石只能謹守緘默。后來，蔣介石曾多次提醒孫中山提防，但都沒能獲得重視。至1922年5月底，葉舉率部回到廣州后，蔣介石又屢屢致電孫中山的忠實支持者，促請他們務必進攻葉舉指揮下的陳炯明部隊。待孫中山自前線返粵時，蔣介石為保護孫中山免遭陳炯明傷害，又多次提醒，但孫中山認為這是蔣介石和陳炯明之間的爭權奪利而已，根本沒有理睬。陳炯明叛變后，孫中山在永豐艦上給蔣介石發去急報，要他速來支援；蔣介石于6月18日收到電報，25日離滬赴粵，一路上披星戴月、馬不停蹄，29日抵黃埔，隨即直赴黃埔永豐艦晉見孫中山。

孫中山見蔣介石危難之際不遠千里，不畏炮火，勇撲虎穴，助其脫險，心中感動無比，只覺得是“患難見真情”，并對自己過去對蔣介石的誤解表示無比的慚愧。也正是從那時起，蔣介石在孫中山心目中的地位重要起來，孫中山曾說：“蔣君一人來此，足當兩萬援軍。”；隨后，孫中山將海上指揮全權交給蔣介石，蔣介石從此正式執掌國民黨軍權。蔣介石在患難之中，隨侍左右，安危共仗，生死相伴，令孫中山感動得涕淚縱橫；在永豐艦上，孫中山和蔣介石有過一張合影，照片上，孫中山坐在甲板椅子上，蔣介石伺立于后；這張照片在歷史上十分有名，在臺灣的歷史教科書或相關書籍、歷史博物館等隨處可見，它是蔣介石一生命運轉捩點的歷史證明，是日后蔣介石發跡的政治資本。

不過，客觀的說，蔣介石絕非浪得虛名，他統兵應險后，情勢便發生了逆轉。從蔣介石赴難登上永豐艦那天起，陳炯明就已經是心有余悸了，后來，在蔣介石的指揮下，孫中山的艦隊沖破敵軍炮火封鎖，粉碎了敵人企圖用水雷謀殺孫中山的計劃，有力的保護了孫中山夫婦。

陳炯明叛變后，孫中山曾電令李烈鈞迅速歸師回粵，協助平叛，但北伐軍從贛南回師途中受到了陳炯明叛軍和直系軍隊的前后夾擊，損失慘重，進展十分緩慢，后經月余苦戰，終因寡不敵眾而失敗。在蔣介石的勸說下，孫中山鑒于形勢的惡劣，決定離開廣州，暫作躲避，調養休整后再作打算。8月9日，蔣介石隨孫中山乘英艦赴港；10日，又換乘俄船返滬。第二次護法運動終因陳炯明的叛變而失敗。　　

為消滅陳炯明叛軍，孫中山于1922年10月將駐福建的北伐軍組成東路討賊軍，又以滇軍楊希閔部和桂軍劉震寰部等組成西路討賊軍。1922年12月，各路討賊軍共同向廣東進兵；1923年1月，討賊軍擊潰陳炯明，陳炯明退守惠州。

1923年2月，孫中山自上海重返廣州，第三次在廣州建立政權，再任陸海軍大元帥，重新成立大元帥府，恢復元帥制。3月2日，大元帥府正式成立，孫中山就任大元帥，蔣介石被任命為大本營參謀長。

回想過去十數年的革命歷程，孫中山感慨萬千。自革命以來，孫中山憑借的僅是自己的一腔熱血和對民族、國家危亡的担憂，手中卻并無可用來鑄就新國家的工具——武昌起義，靠的是新軍的力量和湖廣總督瑞澂的臨陣脫逃才僥幸成功；“二次革命”是依靠李烈鈞等，他們既敗，革命也就敗了；護國運動全靠西南軍閥；后來自己組建護法政府，也是靠陸榮廷這幫西南軍閥的擁戴才得以成功，然而第二年就又被這些人擠兌走了；第二次在廣州組建政府，是靠自己一手培養的陳炯明，可是后來居然連陳炯明都叛變，而且自己還差點丟了性命……想起這些，孫中山深深感到，沒有一支屬于自己的軍隊，革命理想便很難實現，為此，孫中山決定拋棄護法的旗幟，通過建立自己的革命武力來實現三民主義的建國理想。